学院具有光辉的历史，最早可追溯到1946年山东大学农学院园艺系（青岛）和1947年山东农学院园艺系（济南），1952年经全国院系调整，调入金陵大学园艺系和南京大学园艺系果树组成立了山东农学院园艺系，2000年12月更名为园艺学院，2004年3月更名为园艺科学与工程学院。