南校区实行“统一领导，职能延伸，条块结合，以条条为主”一体化管理体制和运行机制。为加强南校区的建设和管理，学校成立了山东农业大学南校区管理委员会，领导、协调、督查学校职能部门、教学院部在南校区的工作。南校区将始终把“提高人才培养质量”作为各项工作的出发点和落脚点，坚持“以育人为中心，以教学为重点”的工作指导方针，不断深化教育改革，将人才培养、科技创新、科技示范融为一体。通过多种形式的学术文化活动，为大学生的素质拓展和综合提高提供广阔的舞台。